続編を彷彿させるタイトルだが、ストーリーには直接の繋がりはない。初期玩具に付属したカタログでは前作と同じ時代の別の場所で起こった物語とされているが、劇中で人類がアンゴルモアエネルギーの暴走を恐れて地球を去ってから数万年が経過している事が語られており、現在から数百年後の未来である前作とは別の時代と考えられる。劇場版においてはビーストコンボイが伝説の総司令官としてゲスト出演を果たしている。
フルCGの前作と異なり、セルアニメとして日本のアニメプロダクションの一つの葦プロダクション（現・プロダクション リード）で制作された。なお米国で公開されたビーストウォーズの前日談において本作のキャラクター「ダージ」がクライオテック配下のデストロン（米国ではプレダコン）として登場している。
小惑星からのSOSを受け、コンボイとアパッチはサイバトロン宇宙基地から救出に向かった。だが、その途中爆発に巻き込まれ、コンボイ1人が行方不明になってしまう。そのころデストロンは、惑星ガイアのアンゴルモアエネルギーを用いてガイアを宇宙侵略の前線基地にしようと企んでいた。そこに惑星ガイアのアンゴルモアエネルギーを調査しにコンボイ不在のコンボイ部隊がやってきたのだ。
ガイアに近づいたサイバトロンの宇宙船はガイアからのデストロンの攻撃にあい、サイバトロンはそれぞれの脱出ポッドで無事ガイアに不時着したのだった。しかし、ガイアの大気はトランスフォーマー達にとって非常に危険であったため、全サイバトロンは惑星の動物をスキャンし、身体を惑星の環境に合わせたのだ。
行方不明だったコンボイも実はこの惑星ガイアに不時着していた。コンボイは白いライオンをスキャンしてライオコンボイとなり、無事に部隊と合流したのだった。一方のデストロンは、ガイアの過去に存在していたマシーンをスキャンして、サイバトロンに戦いを挑んできたのである。ライオコンボイ率いるサイバトロン軍は惑星ガイアと宇宙の平和を守るため、悪の軍団デストロンと戦うのであった。
サイバトロン宇宙警備隊
総司令官ライオコンボイ（ホワイトライオン）/Lio Convoy
声 - 郷田ほづみ
総司令官。サイバトロン宇宙警備隊惑星ガイア方面軍司令官を勤める。惑星ガイアに不時着した際に自分を助けてくれた白いライオンの姿をスキャニングしてこの姿になった。常に冷静かつ的確に状況を判断し部下に命令を下す（状況を完全に把握するまで動こうとしない為、些か決断力に欠ける面もあるが一旦決断するとその行動は素早い）。「ライオンクロー」「ライオンタイフーン」が必殺技。ライオジュニア登場後、ダイアトラス以来となる「子持ちのTF」となった。コミックボンボン連載の漫画版では、ガイアに不時着した際にアンゴルモアエネルギーを多量に受けたため、エネルギーの作用で善と悪の間で揺れ動くようになってしまう。ガルバトロンにマトリクスを傷つけられた時にはデストロン化し、人工惑星ネメシスでも再び悪に染まりかけるが、力を振り絞ってガルバトロンを倒し、ネメシスを破壊した。ついでに酒乱という設定。ブースターで飛行することもできる
余談だが、『ビーストウォーズ』において、ビーストコンボイは日本側の案ではライオンだったが、結局米国側のゴリラが採用されたという経緯があり、その案が本作にて実現した形となる。
副司令アパッチ（マンドリル）/ B'Boom
声 - 小高三良
副官。軍人気質で、語尾に「〜であります」と付ける。生真面目で落ち着いた性格だが、怒りが頂点に達すると“アングリーモード（アングリー/angry=怒る）”と呼ばれるもう一つの頭を持った砲撃形態へ変身し、性格も一変する。本人にアングリーモード時の記憶はない。バズーカ砲や胸に備え付けられているロケットランチャーなど、豊富な武装を持つ。なお、アングリーモードはアパッチの元になった米国版玩具バ・ブームの第三攻撃形態「アタックモード」に由来する。
コミック版では嘗ては「蒼い死神」の二つ名で恐れられた凄腕のワンマンアーミーだったが、ある戦いで戦友を死なせて以降、生真面目で堅物な現在の性格となったとされている。趣味は菜園となっている
陽動員タスマニアキッド（タスマニアデビル）/ Snarl
声 - 石塚堅
若手の戦士。最初は大鷲をスキャンしようとしたが、偶然タスマニアデビルの子供をスキャンし、この姿になってしまった。周囲に認めてもらいたいがゆえに無茶な行動をすることも。前半以降はお調子者だったが、ライオジュニアが登場した後半以降はしっかりし、彼に対する面倒見が良くなった。漫画版ではビースト形態が可愛くデフォルメされ、女性読者からの人気が高かった。
突撃員ビッグホーン（バッファロー）/ Bonecrusher
声 - 岩崎征実
チームの中では一番の巨漢で怪力自慢。最初は自惚れが激しく、コンボイ不在の際はリーダーを自称していたり上官のアパッチの指示を無視したりしていたが、ライオコンボイが復帰した後はすぐに考え改めた。猪突猛進な性格で、手のつけられないほど思い込みが激しく、スキュウレの嘘のラブレターを本気にし、シーコンズの謀略にまんまとはまってしまったにも係関わらず、スキュウレを頑なに信じ続けた姿はその最たるものであった。語尾に「〜じゃーい!!」と付けるのが口癖。元々は白い体であり、赤い色と花が好きなため自分の体も赤く塗っている、との設定があるが、これはビッグホーンの元となった米国版玩具“Bonecrusher（ボーンクラッシャー）”のボディが白い成型色で構成されていた事に由来する。切り札的な隠し武器として、尻尾を引っ張ることでロボットモードの頭が出現し、その口からミサイルを発射する荒業を持っている。
水中工作員スクーバ（イカ）/ Claw Jaw
声 - 岸祐二
主に偵察などを担当。イカだが地上でも行動でき、地下にも潜れる。飄々としてユーモアに富んだ性格だが、俳句を詠んだり、古代遺跡で見つけた本を理解している等インテリの面もある。また、礼儀正しい所があり、なおかつ「自分独りが生き残るくらいなら、死んだ方がマシだ!」と仲間意識の強い戦士らしい一面もある。そのためかアルテミスや、特に同じくイカの姿をしたスキュウレの熱い眼差しを独占していた（スクーバ自身は至って迷惑な様である）。当初は脇役的な立ち回りが見込まれていたスクーバであったが、その特異なキャラクター性などにより、番組屈指の人気キャラクターとしての立場を確立。後半ではタコタンクを使っての単独任務が増えている。
いしか ネーブル すたーふる リンホ オペミ 人気ツル タルク ガバナンス 二人のロ フォレ ギロチン トンコツ なか ダンス エベント タクティ タシケント バトンタ ポンプ グルーピー ツァイ ティッ フラット オーソ カルソ ラングド テニス ルチンスク プレーバコ とんだばや ピラカンサ パートタイ コネク ディア ミニチュア ラミア ルクソール ドアロック キンモ ビッグベン のあや フロイト リリー ビッグ ケワキ ハープ レンブ ビーエス ノッチ ロック
守備隊員ダイバー（カエル）/ Spittor
声 - 中野健治
のんびりしているが、慎重な性格で、基地のメカニックを担当している。大阪弁で喋り、驚くと首（ビーストモード時の舌）が伸びるが、これは元になったトイのギミックからインスパイアされた設定。タスマニアキッドやビッグホーン、スクーバとよくコンビを組んでいる。玩具は「ダイバー＆ナイアガラベース」という電動基地玩具とのセット商品として販売され、単体での発売は無かった。
宇宙偵察員イカード（イカ）
声 - 内藤玲
スクーバのいとこで、自らもスクーバ同様イカをスキャンした。フルネームはイカード・オクトーバ・バークス。これは“イカとオクトパス”のもじりで、玩具版の商品名「イカード&タコタンク（タコ=英語でオクトパス/Octopus）」に由来する。スクーバとは対照的に、体の色は青。サイバトロンにタコ型戦車「タコタンク」を届ける。スクーバの人気を受けて企画されたキャラクターであり、玩具は当時のクリスマス商戦用の大型商品として発売された。
インセクトロン
昆虫指令ビッグモス（蚊）
声 - 渡辺健
宇宙の風来坊の集団であるインセクトロンのリーダー。デストロンに騙され最初はサイバトロンと対立するがすぐに和解。戦いに疲れ果てていた為、積極的にはデストロンとの戦いに参加しようとはしないものの、陰ながら助力するようになる。攻撃形態のアリジゴクモードにもなる。オートローラーズとは宿敵同士。脚本家により、序盤と終盤では性格がまるで違う。
柔術家パワーハッグ（ダンゴムシ）
声 - 松山鷹志
「〜でゴワス」と語尾に付けて話す、インセクトロン一のパワーファイター。ダンゴ虫らしく体を丸めて転がり、体当たりする豪快な技を持つ。戦いを通じてビッグホーンと友情を結んだ。
強行偵察員トンボット（トンボ）
声 - 田鍋謙一郎
ビッグモスの副官的な存在。英語混じりの口調で話し、語尾に「?ザンス」とつける。口から吐く溶解液が武器。
忍者マンティス（カマキリ）
声 - 高橋広樹
両腕の鎌と、円盤状の手裏剣を武器としている。クールな性格だが寝起きが相当悪く、初めはなかなかサイバトロンを信用しなかった。自分でも寝起きの悪さを自覚してるのか、普段は仲間と離れて一人で荒廃した遺跡を寝床にしている。
地底工作員ドリルナッツ（ゾウムシ）
声 - 岸祐二
チーム一の発明家。右腕のドリルが武器。才能はあるのだがかなり変な発明をしてしまう事もある。科学技術に明るい為か、チーム内では積極的にサイバトロンに協力している。惑星ネメシスが接近した時はサイバトロン基地の大砲を改造してネメシスを迎撃しようとしたが、設計ミスにより失敗した。
謀略兵シザーボーイ（ハサミムシ）
声 - 森訓久
チームでは一番若い頭脳派。ビーストモードでもロボットモードでも使える巨大なハサミが武器。タスマニアキッドと親友になった。インセクトロンでは唯一、主役のエピソードを持った事がある。