製造された超純水は空気に触れさせたり、配管やタンクなどの中で停止させる事ができない。
これは、いかに清浄であっても空気に触れると、空気中の窒素や酸素、二酸化炭素などがヘンリーの法則に従って溶け込み、また流れが止まると配管がいかなる材質であっても管壁から微量の不純物が溶け出したり、貧栄養状態でも生育可能な微生物が発生したりする恐れがあるためである。
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よって、実験室内で使う程度の小規模のものを除き、超純水はループ状の配管を常に流し続けることとし、ユースポイントを使用されずに通過した超純水は二次純水と呼んでそのままタンクなどに戻し、再びユースポイントへ行くことがないようにする必要がある。
二次純水は不純物の除去処理を行った後、再度ループ配管に循環させるか、一次純水と合流させる。実際には、超純水がユースポイントで使われて二次純水が減った分だけ、一次純水がシステムに補給されるようにして、一度超純水となった水を有効に活用しようとする場合が多いが、業界ではこの一次純水以降の超純水製造・供給システムを、二次純水が循環することを指した呼び名である「サブシステム」と言い表すことが多い。